Entre le 1er septembre 2020 et le 11 janvier 2021, la Bourgogne-Franche-Comté a enregistré 13.712 décès, soit 26 % de plus qu'un an auparavant sur la même période. Elle est la deuxième région, après Auvergne-Rhône-Alpes, où cette surmortalité est la plus élevée.
Alors qu'en France le nombre de décès diminue progressivement, il se stabilise sur un plateau élevé dans la région : il oscille autour des 120 décès quotidiens depuis 2 mois. Lors de cette deuxième crise sanitaire, la Haute-Saône est le département qui enregistre la plus forte progression des décès depuis 1er septembre par rapport à 2019 (+ 38 %). +28% dans le Jura et +20,9% dans le Doubs.
