À compter de la rentrée de septembre 2026, une partie des activités du conservatoire sera transférée dans les locaux de l’ancienne École de management et de commerce, place de la Comédie à Lons-le-Saunier. Les autres enseignements continueront d’être dispensés dans le bâtiment actuel. Cette réorganisation doit permettre d’adapter les pratiques pédagogiques et de mieux identifier les besoins en vue de la création d’un futur établissement. Des réunions d’information seront organisées à la rentrée avec les enseignants, les élèves, les familles et les partenaires.