La Ligue de Franche-Comté de football a procédé au tirage au sort du deuxième tour de la Coupe de France . Les clubs de CFA, CFA2 et deux formations de division honneur, Morteau Montlebon et Saint-Vit, sont exempts.
4 Rivières - Jura Nord
PS Besançon – Noidanais
Combeaufontaine – PTT Besançon
Fougerolles - Melisey
Pays Maîchois – Massif Haut-Doubs
Nancray – Plateau 25
Rioz/Etuz/Cussey – Pont-de-Roide Vermondans
Colombe-les-Vesoul – Baume-les-Dames
Perouse – Montfaucon
Entre-Roche – Vallée-du-Breuchin
Roche-Novillars – Port-sur-Saône
Planoise Saint Ferjeux – Orchamps-Vennes
Levier – Mouchard
Morbier – Ornans
Clémenceau Besançon - Chaussin
La Joux Nozeroy – Poligny
Sud-Revermont – Lons-le-Saunier
Crotenay – Scey-sur-Saône
Velesmes – Bresse Jura
Foucherans – Jura Dolois
Drugeon Sport – Champagnole
Près-de-Vaux – Château-de-Joux
Doubs – Triangle d’Or
Mont-d’Usiers – Velotte Besançon
Coteaux-de-Seille – Dannemarie
Villars-Sous-Ecot – Lure
Rougegoutte – US Montbéliard
Pays Minier – Grand-Charmont
Chatenois-les-Forges –Beaucourt
Meziré – Saint-Loup-Corbenay
Voujeaucourt – Présentevillers
Giro-Lepuix – Chevremont
Audincourt – Héricourt
Essert – Champey
Sous Roches – US Sochaux
Luxeuil – Bavilliers
Courcelles-les-Montbéliard – Olympique Montbéliard
Bessoncourt – Grandvillars
Nord Territoire - Belfort Sud
Villers-le-Lac ou Charquemont – Les Ecorces