Selon les derniers chiffres de l'Insee, entre le 1er janvier et le 8 février 2021, la Bourgogne-Franche-Comté a enregistré près de 4.500 décès, soit 27 % de plus qu'en 2020. Comparée à la même période de 2019, la hausse n'est que de 20 % (+ 6 % en France). Cette différence s'explique par le fait que la grippe saisonnière a été plus meurtrière début 2019 que début 2020.
Depuis début novembre 2020, le nombre de décès oscille autour des 120 décès quotidiens dans la région. Toutefois, durant la dernière semaine de janvier, un repli des décès s'est amorcé et se poursuit. Entre le 2 et le 8 février, près de 700 décès ont été enregistrés, soit en moyenne une centaine de décès par jour. Le niveau reste élevé mais il se rapproche de celui observé durant l'épisode de la grippe hivernale de 2019.
Le Jura est le département de métropole qui enregistre la plus forte surmortalité depuis le début de l'année par rapport à 2019 (+ 37 %) suivi de près par la Haute-Saône (+ 36 %). Dans la région, la hausse est également conséquente dans le Doubs (+ 25 %).
