Le CAP Pontarlier rugby évoluera dans la poule 3 de Fédérale 3 lors de la saison 2026-2027. Les Haut-Doubistes affronteront notamment Grand Dole, Beaune, Le Creusot, Louhans, le Stade Dijonnais, Montceau, Viriat, Bellegarde-Coupy et Montchanin. Cette répartition géographique, dévoilée par la Fédération française de rugby, promet plusieurs derbys régionaux tout en limitant les longs déplacements.