En raison de la situation sanitaire du moment et de la décision des autorités suisses d’imposer une quarantaine aux voyageurs se rendant en Suisse et en provenance de nombreuses régions françaises, impactant de ce fait l’activité ferroviaire, la société Lyria, comme ce fut le cas au printemps au plus fort de l’épidémie, a décidé de revoir à la baisse son plan de transport à partir du lundi 28 septembre.
Néanmoins, malgré cela, Marie Guite Dufay, la présidente de la région Bourgogne Franche-Comté, « a reçu l’assurance de la part de la société de transport, du maintien des trois allers-retours Lausanne-Paris via le Jura, après le 28 septembre, et de quatre allers-retours sur la ligne Paris-Bâle-Zurich.
