En 2014, à deux reprises, la mosquée de Pontarlier a été la cible de gestes qui ont suscité de nombreuses réactions.
Le 30 janvier dernier, des tags nazis ont été découverts sur la porte principale du lieu de culte. Le 22 septembre, le cadavre d'un porcelet est retrouvé devant la porte d'entrée de la mosquée.
Ces actes furent fortement condamnés par les autorités.