Selon une dernière étude de l'INSEE, au 31 décembre 2011, 97 000 salariés travaillent en Franche-Comté dans l'une des trois fonctions publiques (État, territoriale et hospitalière), soit 21,7 % de l'emploi total (salariés et non salariés) de la région (20,7 % en moyenne en province).
Avec 83 emplois publics pour 1 000 habitants, la Franche-Comté occupe la 12e place des régions de France de province pour son taux d'administration.
